Rumah Sakit Umum Kota Tarakan merupakan Rumah Sakit Kelas C yang didirikan oleh Pemerintah Kota Tarakan yang berlokasi di Kelurahan Karang Harapan, Kecamatan Tarakan Barat Kota Tarakan. Rumah Sakit Umum Kota Tarakan pada awalnya bernama Rumah Sakit Mantri Raga berdasarkan Peraturan Wali Kota Tarakan Nomor : 440/HK-IX/300/2016 Tentang Penetapan Nama Rumah Sakit Umum Daerah Tahun 2016. Selanjutnya, berdasarkan SK Wali Kota Tarakan No. 440/HK-III/66/2019 berganti nama menjadi Rumah Sakit Umum Kota Tarakan dan memulai operasional pelayanan pada 11 Maret Tahun 2019.
Setelah mengikuti proses penilaian akreditasi yang dilakukan tanggal 10 – 12 Desember 2019, pada Tanggal 23 Desember 2019 Komisi Akreditasi Rumah Sakit memberikan Sertifikat sebagai pengakuan kepada Rumah Sakit Umum Kota Tarakan yang telah memenuhi standar akreditasi dengan predikat Bintang Tiga atau tingkat Madya. Setelah RS Umum Kota Tarakan terakreditasi, RS Umum Kota Tarakan bekerja sama dengan BPJS Kesehatan mulai 1 April 2020. Selain itu, RS Umum Kota Tarakan juga ditetapkan sebagai BLUD per 1 Januari 2020 berdasarkan Keputusan Walikota Nomor 900/HK-VIII/204/2019 tanggal 26 Agustus 2019 tentang Penerapan Badan Layanan Umum Daerah Rumah Sakit Umum Kota Tarakan